ایران و امارات در راستای تقویت روابط تجاری، همکاری‌های بندری خود را گسترش داده‌اند. با توسعه زیرساخت‌های بندری و کاهش موانع گمرکی، صادرات محصولات ایرانی به امارات تسهیل شده است. بنادر شهید رجایی و چابهار ایران با بنادر جبل علی و خلیفه در امارات هماهنگی بیشتری یافته‌اند تا تجارت دوجانبه، به‌ویژه در حوزه محصولات کشاورزی و دارویی، رونق گیرد. این همکاری‌ها امارات را به یکی از مقاصد اصلی صادرات غیرنفتی ایران تبدیل کرده است.